Üksikutel juhtudel ei olnud võimalik vältida alasid, nendib Rail Baltic Estonia. Praeguseks eelistatud trassialternatiiv kulgeb Pärnumaal mitmete metsise elupaikade lähedal ning lisaks läbib Lõuna-Pärnumaal Tolkuse looduskaitseala ja Vanemurru soo vahemikus piirkonda, kus 2014. aasta kevadel leiti asustatud metsisemänguala ehk paljunemispaik.
Trassi rajamiseks loodud ettevõte märgib, et hankega soovitakse tellida nii varasemate uuringute kui ka uute välitööde põhjal analüüs mõjutatud metsiste püsielupaikadest ja mängualadest, metsisekanade märgistamine GPS-saatjatega nende liikumispiirkondade kaardistamiseks ning rakendusplaani koostamine Lõuna-Pärnumaa metsiseasurkonna säilitamiseks.
Metsis on Eestis II kaitsekategooria all olev liik, kelle soodsa seisundi tagamiseks on moodustatud ulatuslik püsielupaikade ja kaitsealade võrgustik.