Kuna maaeluminister on MES-i asutajaõiguste teostaja, siis ei ole tema ametikohustused ühildatavad nõukogu liikme ametikohustustega. Sel põhjusel kutsuti Aller MES-i nõukogust tagasi ning rahandusminister tegi ettepaneku valida uueks nõukogu liikmeks Mart Järvik.
MES-i nõukogu suurus on kolm kuni 15 liiget. Praegu on nõukogus täidetud üheksa ametikohta. Nõukogu esimees on Andres Oopkaup ja liikmed Enel Liin, Erko Vallbaum, Janika Usin, Mait Talu, Mart Undrest, Rait Verrev, Raivo Musting ja Tiit Niilo.