Soovides tugevdada ülikooli valdkondade sidusust ning tugevdada veelgi õppe- ja teadustööd ülikoolile pandud vastutusvaldkondades, ühendab ülikooli oma viis instituuti kokku kolmeks. Eesti Maaülikooli rektor Mait Klaassen selgitas, et ühiskonna ees seisavad lähiajal suured väljakutsed nagu rohelepe, ÜRO säästva arengu eesmärgid, ring- ja biomajanduse laialdasem areng. "Maaülikoolil on kõigi nende eesmärkide saavutamises kandev roll, sest meie valdkonnad on nende väljakutsetega väga tihedalt seotud. Struktuurireformi eesmärk on tihendada ülikoolisisest ja ettevõtlusalast koostööd, et meie õpe ja teadus oleksid tugevamad, pakkumaks ühiskonnale veelgi enam teadmisi ja väärtusi.“