Teise suure osa toetustest, ligikaudu 127 miljonit eurot, haarab endale Ida-Virumaa. Olulisemateks sealseteks projektideks on Ühtekuuluvusfondist rahastatud Kohtla-Järve ja Kiviõli põlevkivitööstuste ohtlike jäätmete prügilate sulgemised, mis vähendavad õhu, pinna- ja põhjavee ning pinnase reostust.
Toetusraha jagub kõikidesse Eesti maakondadesse. Lääne-Virumaale on hetkeseisuga plaanitud ligikaudu 50, Pärnumaale 44, Tartumaale 32 ja Järvamaale 29 miljonit eurot. Seal hulgas on lõppenud Kadrina, Vändra ja Järva-Jaani veeprojektid, aga ka Sagadi looduskooli õpikeskkonna renoveerimine ning rannaniitude taastamine ja hooldamine Tõstamaa maastikukaitsealal. Eurorahade toel on hetkel muuhulgas käimas Rakvere, Pärnu, ja Türi veeprojektid, Pärnu keskkonnahariduskeskuse arendamine ning lamminiitude taastamine Alam-Pedja looduskaitsealal.
Jõgeva maakonna ligikaudu 17 miljonit on jagatud eelkõige sealsete veeprojektide vahel, lõppenud on aga näiteks Elistvere ja Puurmani mõisaparkide korrastamised. Valgamaale on eraldatud 16 miljonit eurot, muu hulgas Valga ja Tõrva linna ning Helme valla veemajandusprojektile. Lõpetatud on Otepää looduspargi ja Sangaste parkmetsa taastamistööd, veel käesoleval aastal valmib aga ka Sangaste veskipaisu kalapääs.
Nii Viljandi- kui ka Raplamaa saavad keskkonnavaldkonna edendamiseks 13 miljonit. Viljandimaal toetatavate tegevuste hulgas on Raba tee rekonstrueerimine Soomaa rahvuspargis ning Õisu mõisapargi taastamine. Raplamaa summas sisaldub kolm suurt projekti: Rapla, Järvakandi ja Kohila reoveekogumisalade ehitus; neist esimene on tänaseks lõpetatud.
Põlvamaal panustatakse lisaks veeprojektidele Taevaskoja külastajasõbralikumaks muutmisse ning Leevijõe paisjärve korrastamisse, kokku suunatakse sellesse maakonda toetusi enam kui 8 miljoni euro eest. Võrumaal on fookuses eelkõige Võru valla ja linna veemajandus, mille korrastamine võtab endale lõviosa sealsest 10 miljonist toetusrahast. Lisaks on Võrumaale eraldatud eurorahadest toetatud Mäeveski ja Kaugu kalapääsu ning Vaidva kalatrepi rajamist.
Läänemaal ja saartel tehakse palju looduskaitse- ja hariduse vallas. Näiteks on eurorahadest toetatud Matsalu rahvuspargi ohustatud liikide taastamis- ja rehabilitatsioonikeskuse, Saaremaa Teadus- ja huvikooli keskkonnahariduskeskuse ning Palade loodushariduskeskuse arendamist. Läänemaale läheb kokku ligikaudu 8, Saaremaale 6 ja Hiiumaale ligi miljon eurot keskkonnavaldkonnale mõeldud struktuuritoetusi.
EL-i struktuurifondidest Eestile eraldatavate toetuste kasutamise esmatähtsaid tegevussuundi, eesmärke ja toetatavaid tegevusi aastateks 2007-2013 kajastavad kolm valdkondlikku rakenduskava. Rakenduskavadest mahukaim on Keskkonnaministeeriumi koordineeritav elukeskkonna arendamise rakenduskava, toetusmahuga ligikaudu 1,6 miljardit eurot, millest umbes 674 miljonit eurot on plaanitud Keskkonnaministeeriumi elluviidavatele meetmetele.