Päästekomitee 24. veebruari 1918. aasta päevakäsuga nr 5 määrati Ajutise Valitsuse koosseisu ka põllutöö- ja toitlusminister, kuid seoses Saksa okupatsioonivägede sissetungiga 1918. aasta veebruaris ei jõudnud ministeerium Ajutise Valitsuse koosseisus oma tegevust alustada. Seepärast loetakse ministeeriumi asutamise ajaks 12. novembrit 1918. aastal, kui pärast okupatsioonivägede lahkumist Maanõukogu Vanematekogu otsusega määrati põllutöö- ja toitlusministriks doktor Jaan Raamot. Ministeeriumi asukohaks sai Wismari tänav 7 Tallinnas.
Läbi aegade on Eesti põllumajandust juhtinud 47 põllumajandusjuhti-ministrit.
Eesti Ajutise Valitsuse Maanõukogu (Maapäev) 24. novembri 1918. aasta otsusega lahutati Põllutöö- ja Toitlusministeerium Põllutööministeeriumiks ja Toitlusministeeriumiks, põllutööministriks määrati Otto Strandmann ja toitlusministriks Jaan Raamot.
Lai tn 39 / Lai tn 41 Tallinnas asuva hoone ostis Valitsus 1935. aasta märtsis ja samast aastast asus osa Põllutööministeeriumi osakondi Lai tn 39 / Lai tn 41 hoonesse. Põllutööministeerium tervikuna asus Lai tn 39 / Lai tn 41 hoonesse 1936. aastast ja selles hoones asutakse tänase päevani.1. septembrist 2015 muudeti Põllumajandusministeeriumi nime ning sellest sai Maaeluministeerium.