Regionaal- ja Põllumajandusministeerium vastab Riigikontrolli kriitikale, et põllumajanduse mõju põhjaveele tuleb vähendada senisest sihitumalt, keskendudes eelkõige suurema riskiga piirkondadele. Ministeeriumi sõnul ei anna ühetaolised meetmed parimat tulemust, sest toitainete ja taimekaitsevahendite põhjavette jõudmist mõjutavad korraga nii mullastik, ilmastik, veerežiim kui ka tootmispraktikad.