Euroopa Kontrollikoja aruandes hoiatatakse, et biokütuste tulevik on ebaselge ja täis ohte. Puuduv pikaajaline vaade on negatiivselt mõjutanud investeerimiskindlust. Biokütuste kasutuselevõttu aeglustavad ka probleemid säästlikkuse ja biomassi kättesaadavusega ning suured tootmiskulud.