Teine oluline vääriselupaiku puudutav muudatus on nende kohustusliku kaitse laienemine kõigile avalik-õiguslikele juriidilistele isikutele. See tähendab, et lisaks riigimetsadele on ka kohalike omavalitsuste metsades on vääriselupaikade kaitse edaspidi kohustuslik.
Veel ühe olulise muudatusena peab alates 18. oktoobrist eramaal määratud uute vääriselupaikade keskkonnaregistrisse kandmiseks küsima maaomaniku nõusolekut. Eramaal on vääriselupaikade kaitse vabatahtlik, ning registrisse kandmisel maaomaniku nõusoleku küsimine aitab vääriselupaikade andmeid aktuaalsena hoida ning teavitada omanikke. Kui praegu ei pruugi metsaomanik enne metsateatise esitamist oma maal asuvast vääriselupaigast teada, siis edaspidi nõusoleku küsimisega välditakse sellist olukorda. Lisaks saab inventeerija vajadusel selgitada, milline väärtus on vääriselupaigal ning mida toob endaga kaasa selle keskkonnaregistrisse kandmine. Muudatus ei puuduta juba keskkonnaregistrisse kantud eramaal asuvaid vääriselupaiku.
Määruses on vastavalt ekspertide ettepanekutele muudetud ka vääriselupaiga klassifitseerimist ehk juhiseid nende määramiseks. Seda seetõttu, et määruse jõustumisest on möödas ligi kümmekond aastat ja vahepeal on omandatud uusi teadmisi. Näiteks ei ole edaspidi nõutav vähemalt ühe vääriselupaiga tunnusliigi leidmine, kuna teatud vääriselupaiga tüüpides on see keeruline. Lisaks ajakohastatakse vääriselupaikadele iseloomulike tunnusliikide loetelu.
Vääriselupaik on ala, kus kitsalt kohastunud, ohustatud, ohualdiste või haruldaste liikide esinemise tõenäosus on suur.
Vääriselupaiga iseloomulikud tunnused on:
• alal kasvab põline või haruldane metsakooslus (väike inimmõju, looduslikult arenenud mets jm);
• leidub erilistele elutingimustele viitavaid bioloogilisi (häilud, erinevas vanuses puud, rohke lamapuit, vanad või õõnsustega puud jms) ja maastikulisi näitajaid (erinevad veest mõjutatud alad, järsakud, põlendikud jms);• esineb erilistele elutingimustele viitavaid tunnusliike (liigid, mis vajavad erilisi tingimusi kasvamiseks, mida sageli majandatavates metsades ei ole).
Vääriselupaikade kaitse on üks lisavõimalus elurikkuse kaitseks ning eraomanikule kuuluvas metsas on vääriselupaiga kaitsmine vabatahtlik, vajaduse korral seda kompenseerides. Enam kui kahele kolmandikule vääriselupaikadest on kaitse tagatud, kuna need asuvad avalik-õiguslikel maadel.